Podem-se, porém, distinguir na nova lei as penas comuns, que são as privativas de liberdade (reclusão e detenção) e a multa; e as penas alternativas ou substitutivas (restritivas de direitos). A multa, porém, pode ser utilizada como substitutiva da pena privativa de liberdade aplicada, não superior a seis meses, nos termos do art. 60, par. 2o.

            Algumas das antigas penas acessórias foram transformadas em penas alternativas de interdições temporárias de direitos: a proibição do exercício de cargo, função ou atividade pública bem como de mandato eletivo (art. 47, I); a proibição do exercício de profissão, atividade ou ofício que dependem de habilitação especial, de licença ou autorização do poder público (art. 47, II) e a suspensão de autorização ou habilitação para dirigir veículo (art. 47, III). A suspensão dos direitos políticos (exceto o exercício de mandato eletivo) dar-se-á por decisão judicial, enquanto durarem os efeitos da condenação, conforme preceito constitucional, mas depende de regulamentação por lei ordinária (art. 15, III, da CF).

            As penas acessórias de perda de função pública ou mandato eletivo e a incapacidade para o exercício do pátrio poder, tutela ou curatela foram transformadas em efeitos da condenação (art. 92, I e II), mas devem ser motivadamente declaradas na sentença (art. 92, par. único). Tais efeitos podem ser excluídos pela reabilitação, vedada a reintegração na situação anterior (art. 93, par. único). Diante da evolução legislativa civil para igualar os cônjuges quanto aos direitos e deveres recorrentes do matrimônio, deixou de existir a sanção consistente na incapacidade, permanente ou temporária, para o exercício de autoridade marital.

            Também foi extinta a pena de publicação da sentença por entender-se que era ela infamante: "Se é certo que tanto a doutrina como a jurisprudência procuram (compreensivelmente) ignorar ou rejeitar este reconhecimento, não se pode negar que a publicação da sentença é medida de natureza medularmente infamatória".

            A legislação penal especial prevê ainda outras penas: a prisão simples (LCP), a pena de morte (crimes militares em tempo de guerra), a prisão, a suspensão de exercício do posto e a reforma (CPM) e a prisão em separado em regime especial (Lei de Imprensa). Mantêm penas acessórias a legislação penal especial: a Lei de Contravenções Penais (art. 12), a Lei de Falências (art. 195), o decreto-lei no. 4.126/42 (art. 2o), etc.